MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Bacillus thuringiensis str. Al Hakam plasmid pALH1

Total Repeats: 372

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008598	TAA	2	6	32	37	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008598	TC	3	6	107	112	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_008598	CCA	2	6	152	157	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_008598	AAC	2	6	195	200	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_008598	A	7	7	250	256	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008598	CCA	2	6	308	313	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_008598	ACG	2	6	433	438	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008598	CA	3	6	459	464	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_008598	AAT	2	6	559	564	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008598	CCA	2	6	598	603	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_008598	GCT	2	6	618	623	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_008598	TAT	2	6	1651	1656	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008598	CAT	2	6	1693	1698	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008598	TTTA	2	8	1734	1741	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008598	ATT	2	6	1759	1764	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008598	TAT	2	6	1766	1771	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008598	TTA	2	6	1870	1875	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008598	ATACAC	2	12	1963	1974	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_008598	TA	3	6	2054	2059	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008598	GAA	2	6	2083	2088	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008598	T	6	6	2111	2116	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008598	TAAAA	2	10	2122	2131	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008598	A	6	6	2128	2133	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008598	AATT	2	8	3607	3614	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008598	ATA	2	6	3623	3628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008598	ATTT	2	8	3631	3638	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008598	TAAT	2	8	3670	3677	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008598	CT	3	6	3685	3690	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_008598	CAT	2	6	3721	3726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_008598	TA	3	6	3767	3772	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008598	AGG	2	6	3820	3825	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008598	TAAAC	2	10	3853	3862	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_008598	CTTTTC	2	12	3965	3976	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_008598	GTTT	2	8	3990	3997	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008598	AAC	2	6	4018	4023	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_008598	TCC	2	6	4312	4317	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_008598	TA	3	6	4348	4353	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008598	A	6	6	4360	4365	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008598	AT	3	6	4742	4747	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008598	A	6	6	4797	4802	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008598	CCA	2	6	4804	4809	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_008598	CTTT	2	8	4822	4829	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_008598	AG	3	6	4842	4847	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008598	AAGAGC	2	12	4956	4967	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_008598	TCT	2	6	5004	5009	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_008598	ATTC	2	8	5053	5060	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_008598	ACG	2	6	5086	5091	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_008598	CATA	3	12	5104	5115	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_008598	AG	3	6	5150	5155	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008598	CT	3	6	5163	5168	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_008598	TTC	2	6	5206	5211	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008598	CCGTT	2	10	5255	5264	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_008598	CAAA	2	8	5274	5281	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_008598	TAA	2	6	5313	5318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008598	T	6	6	5358	5363	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008598	ACC	2	6	5401	5406	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_008598	C	6	6	5405	5410	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
58	NC_008598	AG	3	6	5437	5442	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008598	TATT	2	8	5454	5461	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008598	TGAT	2	8	5488	5495	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008598	CATT	2	8	5570	5577	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_008598	GCCC	2	8	5613	5620	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
63	NC_008598	ATA	3	9	5721	5729	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008598	TTG	2	6	6252	6257	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008598	CCA	2	6	6288	6293	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_008598	TCC	2	6	6956	6961	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_008598	TTTC	2	8	6963	6970	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_008598	ATC	2	6	6992	6997	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_008598	CT	3	6	7025	7030	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_008598	TC	3	6	7101	7106	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_008598	ATT	2	6	7155	7160	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008598	TTG	2	6	7161	7166	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008598	TTTC	2	8	7169	7176	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_008598	GT	3	6	7185	7190	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008598	ACATC	2	10	7224	7233	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_008598	ATC	3	9	7300	7308	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_008598	TTCAT	2	10	7316	7325	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_008598	AAT	2	6	7584	7589	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008598	ATAG	2	8	7590	7597	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008598	GCT	2	6	7678	7683	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_008598	T	6	6	7683	7688	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008598	TTC	2	6	7732	7737	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_008598	CA	3	6	7773	7778	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_008598	ATC	2	6	7798	7803	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_008598	GTT	2	6	7897	7902	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008598	TA	3	6	7933	7938	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008598	AAAC	2	8	7953	7960	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_008598	AT	3	6	7974	7979	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008598	CTT	2	6	7982	7987	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_008598	TA	3	6	8100	8105	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008598	T	7	7	8197	8203	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008598	AAG	2	6	8312	8317	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008598	CTT	2	6	8340	8345	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_008598	TAAA	2	8	8350	8357	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008598	TAA	2	6	8387	8392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008598	GAT	2	6	8440	8445	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008598	T	6	6	8479	8484	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008598	T	6	6	8486	8491	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008598	TTTA	2	8	8496	8503	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008598	TAC	3	9	8538	8546	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_008598	TGT	2	6	8624	8629	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008598	TAA	2	6	8654	8659	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008598	TGGA	2	8	8734	8741	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008598	ATT	2	6	8746	8751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008598	TTTC	2	8	8770	8777	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_008598	TATT	2	8	8825	8832	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008598	CAA	2	6	8835	8840	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_008598	A	6	6	8861	8866	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008598	TTC	2	6	10400	10405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_008598	TTTC	2	8	10494	10501	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_008598	TTG	2	6	11216	11221	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008598	GAC	2	6	14735	14740	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_008598	TTGT	2	8	14749	14756	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008598	TCC	2	6	15943	15948	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_008598	TCC	2	6	16106	16111	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_008598	AGA	2	6	16122	16127	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008598	ATA	2	6	16153	16158	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008598	CGT	2	6	16162	16167	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_008598	TCA	2	6	16169	16174	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_008598	TTTTG	2	10	16207	16216	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008598	TA	3	6	16323	16328	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008598	CA	3	6	16350	16355	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_008598	ATA	2	6	16396	16401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008598	TCT	2	6	16411	16416	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_008598	GCT	2	6	16424	16429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_008598	ATCC	2	8	16434	16441	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_008598	ATCCA	2	10	16469	16478	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_008598	CAT	2	6	16549	16554	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_008598	TCC	2	6	17560	17565	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_008598	TAT	2	6	17584	17589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008598	T	6	6	17618	17623	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008598	A	7	7	17625	17631	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008598	AAAT	2	8	17635	17642	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008598	GTA	2	6	17651	17656	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008598	TAT	2	6	17684	17689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008598	AGA	2	6	18073	18078	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008598	TA	3	6	18085	18090	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008598	TCT	2	6	18097	18102	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_008598	T	7	7	18102	18108	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008598	TCA	2	6	18135	18140	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_008598	TCC	2	6	18159	18164	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
142	NC_008598	TCC	2	6	18238	18243	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_008598	CAA	2	6	18276	18281	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_008598	AT	7	14	18372	18385	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008598	GCC	3	9	18395	18403	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_008598	CAT	2	6	18416	18421	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_008598	TTC	2	6	18458	18463	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_008598	T	7	7	18464	18470	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008598	CAG	2	6	18475	18480	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_008598	TAA	2	6	18503	18508	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_008598	TCT	2	6	18529	18534	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_008598	TC	3	6	18552	18557	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
153	NC_008598	T	6	6	19914	19919	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_008598	T	6	6	19955	19960	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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299	NC_008598	TCT	2	6	33416	33421	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
300	NC_008598	CCT	2	6	34030	34035	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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331	NC_008598	A	7	7	38077	38083	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
332	NC_008598	T	6	6	38102	38107	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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337	NC_008598	A	6	6	39426	39431	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.